北京市二十一世紀學校開設小學、初中、高中國家課程，美國AP課程，英國A-Level課程等。

其中特色課程包括：12年一貫制中華傳統文化課程、英語直通車課程、健康課程、藝術審美課程、勞動課程、電影課程、世紀演說家課程、禮儀課程、研學課程、活動課程等。